К сожалению, единого правила нет. В самом общем виде (хоть это и не для всех слов верно) , окончание -Ы – более старое, а -А – более новое, но норма тоже меняется, поэтому какие-то формы на –Ы уже успели стать устаревшими, а какие-то формы на –А считаются просторечными (неправильными) или же используются только в профессиональной речи. Иногда формы слов на -Ы и -А различаются по смыслу (счёты - счета; проводы - провода, тоны (сердца) - (яркие (тона) .
ПРОФЕССОР, мн. профессорА, род. профессорОв и устарелое профЕссоры, профЕссоров.
ТРЕНЕР, мн. трЕнеры, род. трЕнеров и в просторечии тренерА, тренерОв.
А о том, как правильно сказать/написать, можно в каждом отдельном случае справиться на портале Gramota.RU:
http://www.gramota.ru/slovari/ Нужно написать интересующее слово в окошке "Проверка слова"