После установки Windows 7 комп не видит второй винчестер (до этого при XP видел два винчестера).

Устанавливать нужно было отключив одни диск. Иначе загрузочный сектор может установить в начало второго диска и не будет запускаться Винда если отключишь диск. Сейчас видимо на одном диске нарушена MBR/
Переделай таблицу разделов в MBR
Осуществить преобразование GPT в MBR можно во время установки Windows 7, а именно:
в тот момент, когда мастер установки предлагает выбрать раздел для установки операционной системы, нужно воспользоваться комбинацией клавиш Shift + F10, в результате чего откроется командная строка.
В командной строке:

Наберите "diskpart" и нажмите клавишу "ENTER".
В приглашении команды diskpart наберите без кавычек: "list disk" и нажмите клавишу "ENTER".
Запишите номер диска, который Вы хотите преобразовать в MBR диск.
В приглашении команды diskpart наберите без кавычек: "select disk <n>" (где <n> - номер диска) и нажмите клавишу "ENTER".
Наберите команду "clean" для быстрой очистки диска и удаления всех разделов
В приглашении команды diskpart наберите без кавычек: "convert mbr" и нажмите клавишу "ENTER".

Затем командную строку можно закрыть (командой "exit" или закрытием окна с командной строкой) . В окне выбора накопителя для установки Windows 7 необходимо нажать клавишу "Обновить". После этого можно продолжать установку Windows
Здесь читай http://acerfans.ru/faq/1661-udalenie-predustanovlennoy-windows-8.html
http://www.nix.ru/support/faq/show_articles.php?number=837&faq_topics=CSM-MBR-GPT-UEFI
Возможно предварительно понадобиться включить режим совместимости и если есть раздел востанвления "зайти в БИОС, в разделе "Security" отключить "Secure boot", затем в разделе "Boot" включить "Launch CSM" - перевести из "Disabled" в "Enabled" (Launch CSM в данном случае расшифровывается как Launch Compatibility Support Module (активация режима совместимости)) . После этого сохранить настройки и выйти из БИОС. Затем нужно снова зайти в БИОС и в разделе "Boot" изменить приоритет загрузки - выбрать в качестве "First boot device" (первого загрузочного устройства) оптический привод. "