Как правильно подключить ява-скрипт через ссылку?

js файлы не обязательно подключать в head. их даже желательно подключать в body перед закрывающимся тегом </body>. По поводу "дать комманду" имеется ввиду вызвать функцию из файла js. Если есть еще вопросы то на почту или в агент s-t-a-l-k-e-r90@mail.ru