Если при покупке квартиры свидетельству государственной регистрации права менее 3 лет, что значит?

ничего особенного.

То продавцы квартиры будут платить налог

продавцы будут платить налог. Но продавцы могут попросить указать заниженную стоимость, чтобы не платить налог - Если покупатель согласится - будет разбираться с налоговой по поводу получения прибыли и платить налог за продавца. С разницы между указанной цены и средней рыночной цены...

возможна покупка за 1 млн р в договоре

Выступлю в роли капитана Очевидность: это значит, что Свидетельство получено менее трёх лет назад.

причем право собственности у продавцов может быть и более трех лет
надо смотреть правоустанавливающие документы....