Арендую помещение у Министерства обороны, плачу в долларах. Законно ли это?

нет

Расчеты в инвалюте на территории РФ запрещены (кроме особых случаев, прописанных в законе)

А какие Вам приходные документы дают при оплате аренды?

Что, и в договоре в долларах? ЧуднО, чуднО...)))

НЕТ!!!! Однозначно, не у министерства обороны! В России только рублевые расчеты! тем более что это госорганизация!