Общественная организация продает помещение физлицу. Как правильно оформить прием наличных по сделке? Р/счета нет.

Продажа помещения физлицу - это коммерческая деятельность, и ОБЯЗАНЫ платить налог на прибыль и НДС.
Вы обязаны иметь кассовый аппарат и пробить чек на всю сумму сделки (если расчет наличными). Или открыть счет в банке и деньги будут перечислены на него (если безналичный расчет).
Положение о кассовых операциях иного не предусматривает. Все остальное влечет административное правонарушение.
Если вас не устроил мой ответ (а он верный) задайте его в разделе "Бизнес. Финансы". Подраздел бухгалтерский учет.