Как составить цветное фото из трёх стеклянных негативов, снятых через синий, красный и жёлтый фильтры.

В общем-то, как уже отмечено в одном из ответов: обратитесь в Библиотеку Конгресса США - там уже много лет ведутся работы по восстановлению архива работ российского фотографа Проскудина-Горского, сделанных подобным способом: http://www.prokudin-gorsky.org/

В целом же алгоритм такой:
- качественное сканирование негативов, а не фотографирование с целью избежать перспективных искажений;
- геометрическая трансформация с целью их точного совмещения, т. к. какие-то сдвиги всё равно неизбежны;
- тонирование слоёв в соответствии с цветом использованных при съёмке светофильтров, здесь кроется одна из сложностей;
- сведение слоёв в один;
- инверсия для перехода к позитиву.

Использовался GIMP, совмещение с помощью инструмента коррекции перспективы, слои скопированы в каналы, корректировка уровней:
_