Оплата больничного листа

Для оплаты больничного по БиР никаких остальных справок не нужно. Теперь не она, а вы должны доказывать что больничный был сдан не вовремя, либо согласиться с тем, что сроки вами были нарушены.

а заявление на отпуск по БиР она писала?

пособие по БиР вы обязаны были назначить в течение 10 дней со дня получения от работницы больничного листа и выплатить в ближайший день выплаты зарплаты. никаких дополнительных справок для назначения и выплаты пособия по БиР не требуется, так что вы больше чем на два месяца задержали выплату пособия абсолютно незаконно. трудовая инспекция в определении срока выплаты, видимо, будет отталкиваться от даты заявления, с которым работница обратилась в прокуратуру.
ФСС даже теоретически не может требовать, чтобы для выплаты пособия по БиР женщина предоставила справку о рождении из ЗАГСа, потому как справка эта выдается после рождения ребенка, а б/лист по БиР, как минимум, за 70 дней до его рождения и выплатить по нему пособие вы обязаны не дожидаясь, пока ребенок родится и мать справку получит в ЗАГСе.
а уж справка о том, что отец ребенка пособие по БиР не получал - это вообще дикость, он его не может получить никогда в жизни, потому как мужики, пока еще, не рожают, а пособие по БиР может получить только роженица и никто больше. так, что справки о неполучении пособия по БиР отцом в природе не существует. ФСС таких абсурдных "документов" для выплаты пособия по БиР не требует.