пересечение границы России и Украины

Здравствуйте. У меня такая ситуация: жена гражданка Украины, уроженка Харьковской области... пересекала границу России полгода назад. Продлевала миграционную карту, на основании послабления в законе до 1 августа гражданам Украины, в ФМС. Но выезжала из Украины и въезжала в Россию по загранпаспорту, а когда продлевали миграционную карту дала по ошибке обычный Украинский паспорт и соответственно в компьютер вбили номер Украинского паспорта, а не загранпаспорта. Какие могут быть проблемы на Российской стороне, и если кто знает на Украинской стороне?