Что проверяют на погран зоне в аэропорту? зачем сканируют паспорт?

Сканируют, чтобы вручную не забивать Ваши данные в систему...
Проходит проверка по разным базам...

Проверяют основания для пересечения границы.

загранпаспорт проверяют

Когда мы получаем загранпаспорт, его вносят в систему. На границе при выезде/въезда пограничники прикладывают паспорт к сканеру, таким образом проверяют подлинность паспорта.