в одной программе нельзя свернуть окно с комбинацией Windows + D, есть ли софт который поможет с этим справится ?

не факт

Приоритет перехвата клавиш в активном состоянии программы лежит на программе.
Это значит, что если в программе не хотят чтобы вы по этому сочетанию клавиш свернули - вы не свернете.

вин-М