Есть вопрос. Одна ли БД у аэропорта и автомобильного кпп?

База не у аэропорта, а у пограничников и она одна...

Если речь о паспортном контроле при выезде за рубеж, то база данных у Погранслужбы ФСБ РФ одна и та же на всех КПП.

да база одна на всех пограничных пунктах. Пограничные службы в аэропорту это тоже своеобразное пересечение российской границы