Самостоятельно получится значительно дороже и хлопотнее. Вся концепция отдыха в Египте и Турции построена на пакетных турах. Убирается одно звено (чартер), и вся пирамида ломается.
Предлагаемые некоторыми турагентствами варианты через Израиль невыгодны. По сути, из рабочих способов попасть в Египет можно назвать только полет через третью страну с самостоятельной покупкой тура в ней же, а не через российское турагентство. Это может быть РБ, Украина, Казахстан, Грузия. Куда вам ближе... С Турцией то же самое, похоже, и ей пришел конец.
Из подводных камней, разве что страховка. Ее лучше оформлять дома, отдельно от пакета. Детальнее о вариантах можно почитать здесь:
[ссылка заблокирована по решению администрации проекта]