Это может происходить из-за того, что стоит галочка "автовыбор" (Auto-select). Поэтому в момент использования инструмента перемещения, происходит самопроизвольное выделение другого слоя. И если этот другой слой залочен (с замком), то и вылезает это окошко с предупреждением о невыделенных слоях. Даже если ни один слой не залочен, то вы можете не заметить, как перескочите случайно на другой слой и испортите его. Поэтому эту галочку нужно снять. Она может понадобится, когда очень много слоем, и вам нужно быстро выделить нужный прямо во вьюпорте. Но потом обязательно не забыть ее снять. И еще один момент. Даже если эта галочка снята, то эта опция(автовыбор) временно активируется в момент удержания Ctrl и щелчка левой кнопкой мыши (или соприкасании пера с планшетом) на пикселях другого слоя. И тоже произойдет переход на другой слой.
