Езжайте на регистрацию как обычно, там же на месте вам выпишут штраф за несвоевременную постановку на учет, оплачиваете этот штраф и с квитанцией и всеми документами обратно в РЭО, вам все рарегистрируют, вот и всё, вот здесь подробно читайте
http://avtopravilo.ru/shtraf-za-prosrochku-registracii-avtomobilya/