имеют ли льготы на проезд в жд транспорте дети сироты в возрасте до 16 лет

У них социалка.

Обратитесь в свой местный Центр социального обслуживания населения (ЦСОН), там всё объяснят...

дети получают пенсии, если у студента стипендия в полторы тысячи, то у детей сирот пенсии намного больше, плюс к пенсии они имеют кучу льгот от собеса, вот туда и обращайтесь, сироты военных, погибших при защите Родины, могут получать часть льгот от военкомата .

Если поездка этим летом, то детям до 17 лет предоставляется скидка 50 %, см. сайт РЖД.