Не работает jquery когда использую php include или rewriteengine в htaccess. На стандартной html странице работает

jquery никак не связан с php, а как именно ты rewrite используешь, мы не знаем. Открой свою страницу, погляди, по какому пути подключается jquery, попробуй его по этому пути открыть, погляди на ошибку. При загрузке страницы не забывай открывать консоль браузера и смотреть на ошибки.