Какая ошибка в употреблении местоимения? Директор сказал секретарю, что это не входит в его обязанности.

Непонятно, в чьи обязанности это не входит: директора или секретаря. Лучше так: Директор сказал секретарю, что это не входит в обязанности секретаря. Ещё лучше: Директор сказал, что это не входит в обязанности секретаря.