Как писать и или ы в слове цифра

"И". После буквы "ц" буква "ы" пишется только в исключениях: "цыплёнок", "цыгане" и др.

ЦИФРА. Это правило русского языка: после "ц" в корне слова пишется "и"

Цифра. Буква ы после ц пишется в окончаниях существительных (огурцы, нет курицы) , в окончаниях и в суффиксе -ын прилагательных (куцый, бледнолицый, сестрицын) .
Кроме того, цы пишется в словах цыган, цыпленок, цыпочки, цыц, и в других словах того же корня (цыганский, цып-цып, на цыпочках, цыкать и т. п.) . В остальных случаях пишется ци, например: станция, цитата, цирк, цифра, цирюльник, цимбалы, цибик, цинга, циновка, панцирь, цибуля, цигарка, цимлянское.
Источник: Важнейшие правила правописания