Существуют ли системы, позволяющие определять местонахождение подводной лодки по изменению гравитационного поля?
Нет. Но точно знаю, что проводился эксперимент с самым большим танкером в мире - Knock Nevis. Сначала он плыл на при полной загрузке на полном ходу на запад, а затем на восток. Сверхточные научные приборы зафиксировали изменение скорости вращения Земли. Вот это я точно знаю. А подлодка это гораздо сложнее, ведь она в разы меньше и средняя плотность у неё такая же, как у воды

Нет, только по данным гидроакустических станций кругового обзора, а также по данным гидроакустических датчиков в проливах, после обработки которых по акустическому "портрету" узнают конкретную подводную лодку. Свои надводные корабли могут узнавать свою подлодку по кодированным сигналам опознавания.
их более 30 различных физических полей корабля
специальные приборы позволяют распознавать изменение, распределение, образования, значение и характер: акустическое, гидроакустическое, магнитное, электромагнитное, электрическое, тепловое, гидродинамическое, гравитационное полей.
Существуют. Под грифом секретно
Если не учитывать фантастические технологии из блокбастеров, эта технология совершенно не используется.