допустим зарплата 20000 ежемесячная доплата 30000. с какой суммы должна считаться оплата за отработанные выходные дни???

Если доплата официальная, то зарплата считается с полной суммы 20+30 тыс).
Если официальная зарплата 20000, а доплата нигде не фиксируется, то расчет по официальной зарплате. Оставшиеся суммы - на усмотрение работодателя.