Откуда взялся вожатый в "Капитанской дочке"?

Вожатый - это Емельян Пугачёв, который в буран вывел Гринёва к человеческому жилью!

Вдруг увидел я что-то черное. «Эй, ямщик! — закричал я, — смотри: что там такое чернеется?» Ямщик стал всматриваться. «А бог знает, барин, — сказал он, садясь на свое место, — воз не воз, дерево не дерево, а кажется, что шевелится. Должно быть, или волк, или человек».
Я приказал ехать на незнакомый предмет, который тотчас и стал подвигаться нам навстречу. Через две минуты мы поравнялись с человеком.
— Гей, добрый человек! — закричал ему ямщик. — Скажи, не знаешь ли где дорога?
— Дорога-то здесь; я стою на твердой полосе, — отвечал дорожный, — да что толку?
— Послушай, мужичок, — сказал я ему, — знаешь ли ты эту сторону? Возьмешься ли ты довести меня до ночлега?
— Сторона мне знакомая, — отвечал дорожный, — слава богу, исхожена и изъезжена вдоль и поперек. Да, вишь, какая погода: как раз собьешься с дороги. Лучше здесь остановиться да переждать, авось буран утихнет да небо прояснится: тогда найдем дорогу по звездам.

Вы невнимательно читали главу 2 раза.
Первый раз слово "вожатый" (не считая заголовка) появляется в сцене на постоялом дворе: "- Где же вожатый? спросил я у Савельича.
"Здесь, ваше благородие", - отвечал мне голос сверху. Я взглянул на полати, и увидел черную бороду и два сверкающие глаза". Впоследствии это слово применяется к мужику, который им помог во время бурана (и впоследствии оказался Пугачевым) несколько раз в этой главе.
При этом нужно учитывать, что в начале 19 века, когда Пушкин писал "Капитанскую дочку", и уж тем паче в середине 18 века, к которому относится время действия повести, и под языковые особенности которого Пушкин несколько стилизовал изложение, это слово обозначало не то, что теперь. Понятно, что вожатым Пушкин устами Гринева называет мужика, который сумел в буран вывести их к жилью. Подробнее - смотрите словарь Даля, статья "водить".

из пурги...

Появился из метели - провожатый, прохожий, который вывел заблудившегося Петрушу Гринева и его ямщика на дорогу в буран