Так-же как и в реальной жизни. Ножницы+перекладывание+склейка (если необходимо).
Только делается это в графическом редакторе с поддержкой слоёв (соответственно и альфа канала).
Пэйнт
не подходит. Точнее в нём это сделать можно, но крайне неудобно. Photoshop, или его аналоги по ссылке выше.