Лечите ПК и флэшку. Это вирус. Файлы сами остались в том же виде и на прежних местах, а вот вирус меняет их атрибуты на "скрытый" и создает ярлыки к этим файлам, они и имеют расширение *.lnk. Это для того, чтобы вы запускали ярлыки, но в каждом ярлыке прописан запуск вируса.
Вам в помощь Dr.Web CureIt
https://free.drweb.ru/download+cureit+free/?lng=ru/После лечения нужно будет еще поудалять ярлыки и вернуть файлам видимость - например, с помощью Total Commander, хотя можно и в Проводнике, если включить показ скрытых файлов.