Подскажите как запустить файлы с расширением .001, .002, .003 и так далее...

она разбита на части
если это архив то собрать в кучу может winrar давно не пользовалься но помоему достаточно попробовать распаковать первый файл и он автоматом соберет все остальные если они в одной папке
если файл не раровский тоя пользуюсь тотал командер меню файл\ собрать файлы, ну соответственно их надо выделить

Скорее всего это архив rar поделенный на части, нужно сложить все файлы в одну папку, например:
имя_файла. rar
имя_файла. 001
имя_файла. 002
имя_файла. 003
имя_файла. 004
имя_файла. 005
и распаковать

да и windows/total commander таким образом режет файлы, только должен быть еще один файл в ктором содержится контрольная сумма собранного файла (имя_файла. crc помоему называется)

Возможно, что программа была разбита архиватором на несколько файлов, для удобства переноса на носителях малой ёмкости. Выдели начальный файл, щёлкни правой кнопкой и выбери разархивировать в текущую папку.