Подскажите можно ли заряжать айфон с 50-60% или это будет плохо влиять на батарею?

Можно, никак не будет влиять. Современные литиевые аккумуляторы не подвержены эффекту памяти, это не шуруповерт с кадмиевым аккумулятором.