При покупке восстановленного айфона 6s в магазине, должен ли он быть активированным на официальном сайте apple?

нет

Никакой телефон не должен быть активированным в магазине.

смотря что ты понимаешь под восстановленным и что понимаешь под активированным

1) восстановленные могут быть восстановлены эпл, а могут быть восстановлены 3ми лицами. восстановленные эпл называются "как новый" восстановленные 3ми лицами обычно называют гумном
2) если имеешь ввиду учетку эпл айди - однозначно нет
если имеешь ввиду гарантию - все зависит от того кем восстановлены