Почему по итальянски Нидерланды называются Paesi Bassi?

Это они вместе с Люксембургом и ещё какой-то страной так называются.
А нет, то Бенелюкс -- Бельгия, Нидерланды, Люксембург.

наверное низкие страны, как во многих языках.

Это буквальный перевод. Нидерланды - дословно "нижние земли".

потому же, почему и по-французски Pais Bas

Страна называется, на многих языках, "низменные земли" не то "низменная страна": Nederland на своём собственном языке, Pais Bas по-французски, Paesi Bassi по-итальянски.
Забавно, что топоним на эстонском языке - Virumaa - имеющий точно то же значение. означает не Нидерланды, а северо-восток Эстонии - окрестности Нарвы.,