Как ремонтируют износ отверстий во фланце коленчатого вала (отверстия под болты крепления маховика)?

Ремонтируют путём замены на новый !
Старый на переплавку !
Такие вещи не ремонтируют, ибо центрацию нарушишь и выкинешь весь двигун !
Скупой платит дважды !

неисправность экзотическая, врядли найдете человека который такое делал.
Проще найти живой коленвал.
Но если мотор редкий (феррари, ламборджини, всякие) то рассверливают и режут резьбу специальным метчиком, под ремонтную вставку. Все это вручную.
Тут главное чтобы во фланце мяса под резьбу хватило.

Специфическая задача. Без станка это делается, прямыми руками. Либо резьба дорезается специальным метчиком под вставку (не футорка, а вставка, выглядит как пружинка обычная, но имеет определенную форму и размеры). Ну или рассверливается и режется резьба следующего размера, но это не всегда прокатит. Маховик не должен центроваться крепежными болтами, поэтому баланс не нарушается. Так же всегда есть возможность заштифтовать его в двух произвольных местах.

Только заменой изношенных деталей, иначе вибрация и биение.

Ты сам то сдал этот экзамен? Сидишь тут умничаешь.

Очень просто . Берёте за шиворот того кто там умудрился испортить резьбы, и отправляете в магазин за новым валом .

Фланцы на самом деле редко ремонтируют ибо мороки слишком много - ведь это нужно новую резьбу нарезать. Гораздо проще новый подходящий фланец купить, тем более они в свободной продаже, мы в фирме их на https://ingpolicom.ru/catalog/flanci/ заказываем.