Подскажите пожалуйста, почему некоторые файлы NEF открываются в Camera Raw или Phase One Capture в таком виде?

Потому что за картой не ухаживаете - нужно не только форматировать ее в камере достаточно часто, но и иногда форматировать сначала в компьютере со снятым флагом "только очистка оглавления", а потом в камере. Если при таком формате возникают ошибки, карту лучше выбросить... обычный формат в камере карту не проверяет, неизвестно что там в итоге битое...