Почему речь идет о гармонии и её совершенстве в стихотворении "железная дорога" Некрасова

Потому что только на примере гармонии в природе можно увидеть мерзости человеческой действительности. Природа совершенна. Человек порочен. Элементарное сравнение, в пользу прекрасного.