На разных сайтах разный размер агентской комиссии. Если перелёт без пересадок, или с пересадкой, но одной авиакомпанией - то покупайте билет непосредственно на сайте этой авиакомпании.
Да, разные - у каждого субпродавца своя скидка от авиакомпании. Продают билеты на сайте аавиакомпании, но сервер фиксирует, с какого сайта Вы зашли и может изменить Вам цены.