Влияет FIX протокол на комиссию и спред?

С чего бы вдруг? Протокол это только способ представления байтиков.
Разница только в том, что на этом протоколе можно построить робота, который реагирует быстрее человека за терминалом

Сам по себе -- нет. Но у брокера может быть дополнительное вознаграждение за предоставление доступа к FIX-серверу для автоматизированного совершения сделок. А может и не быть...