Зачем заколачивали окна досками когда бросали дом?

Чтобы воры не залезли. Дома изначально никто не бросает, их пытаются законсервировать. Потом уже дом становится бесхозным. Это происходит главным образом из-за того, что сама земля обесценивается. А дом с собой не увезешь... Там, где жизнь кипит, заброшенных домов по пальцам пересчитать. А обесценивается земля из-за отсутствия современной качественной инфраструктуры поблизости (работа, магазины, школы, больницы и. т. д.).

Хотя раньше практически у всех окон были ставни. Ставили их потому что многие сельские жители на довольно длительное время (в основном весной и летом) уезжали в другие города или крупные села на заработки.

Сельские дома лучше вообще оснащать крестообразными рамами.
У наших предков этот деревянный "крест" выполнял роль решётки.
Очень часто, даже когда владельцы домов уходили, то оставляли открытой форточку, потому что через нее невозможно залезть в дом. Также, эту форточку открывали на ночь для проветривания, не боясь, что в дом кто-то залезет (гениально). И не нужно городить никакого "огорода" в лице металлических решеток.
Ко всему прочему, этот деревянный "крест" еще как бы "армирует окно", т. е. такое окно сложнее разбить - разобьется лишь одна створка, т. к. окно собрано из отдельных частей стекла. Не говоря уже о том, что даже если окно и разобьется, то останется целой вторая рома, рамы-то двойные и довольно далеко друг от друга расположены.

У наших предков вообще были весьма светлые головы на плечах.
Не случайно Россия как минимум существует аж с 1147 г.