Как настроить Premiere Pro, чтобы когда я заливаю видео 4:3, оно автоматически обрезалось в 16:9?

Безболезненно из меньшего большее не сделаешь. Если файлов много, самый оптимальный вариант: Создать две композиции (Sequence). Одна 4:3, вторая 16:9. В созданную композицию 4:3 импортировать свое видео (4:3). На таймлайн композиции 16:9 - поместить композицию 4:3. Масштабированием (Scale) - добиться "ухода" черных полос по краям. Позицией (Position) - установить "смотрибельный" сдвиг по вертикали. Если файлов мало, в созданной композиции 16:9 - проделать это с каждым файлом (клипом).