Если хотите нормальный бульон, то после закипания сразу убирайте пену, уменьшайте огонь и бульон томите, а не варите, при бурном кипении жир"омыливается "(
Чернота - это грязь, не видимая глазом, пока не растворилась водой и не перешла в пену. Ещё с советских времён по Санитарным правилам и нормам перед приготовлением мясо требуется мыть в холодной проточной воде с использованием щетки. В твоём случае нет ничего страшного. Если бульон предполагается использовать для приготовления супа, надо его охлаждённым процедить через марлю, сложенную в несколько слоёв. Или через прочное бумажное полотенце.