Юнити спрайт прозрачный фон

Так вы используйте прозрачное изображение...
У этого квадратики из разряда "сделай-типа-это-прозрачный-фон".

Редактор Paint не поддерживает альфа-канал.

Используйте paint.net или GIMP или фотошоп, чтобы выделить и удалить белый фон. На его месте появятся шашечки, а при импорте в Unity шашечек не будет.

Я смоделировал мину в Blender и отрендерил с прозрачным фоном.
Проблем не вижу.