Слышу в рекламе - типа доместос убивает все микробы, правильно ли это? Может быть всех микробов?

В русском языке в подобных ситуациях на выбор окончания влияет грамматическая (не биологическая!) категория одушевленности/неодушевленности.

У одушевленных существительных форма множественного числа винительного падежа совпадает с формой родительного падежа, у неодушевленных — с формой именительного.

Но есть ряд случаев, когда одушевлённое существительное может склоняться как неодушевлённое. Слово микробы как раз относится к таким.

Причём в словаре Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке» вариант микробы числится как основной, а микробов — как использующийся реже.

Таким образом, правильны оба варианта:

уничтожает микробы,
уничтожает микробов.