Действительно ли "Наруто" - вселенная ниндзя?

Общий концепт - да, про ниндзя. Обычные ниндзя в "Наруто" - как раз таки наёмные убийцы. Их базовые техники основаны на реальных ниндзюцу (сокрытие, подмена), стиль боя тайдзюцу копирует боевые искусства, арсенал - сюрикены, дымовые шашки и прочее - тоже соответствует.

То, что вы описали, относится преимущественно к главным героям, которые должны как-то выделяться. Тот же Наруто, кстати, изначально и показан как ниндзя-неудачник: он не умеет скрываться, вечно лезет в драку и т. д.

Так или иначе, "Наруто" - не историческое произведение. Это целиком вымышленный мир, где понятие ниндзя - скорее базовый концепт, чем правило. Есть безжалостные тихие убийцы, а есть добряки, толкающие речи про дружбу. Как раз таки Наруто благодаря своей неординарности меняет мир ниндзя, который погряз в убийствах. А ваше недовольство интерпретацией ниндзя в "Наруто" можно спроецировать в принципе на что угодно, да на того же "Стального Алхимика" - в реальном мире алхимиками были деды, которые гоняли между склянками всякую жижу, а тут какие-то дети какой-то магией дерутся, ну где это видано! Или тот же "Шаман Кинг" - вместо того, чтобы танцевать с бубнами и курить непонятные травы, шаманы призывают духов и сражаются ими. Но всё равно шаманы же.