Получится ли снизить алименты по схеме перехода с ИП на ООО в качестве гендиректора с зарплатой 20000 руб?

Переходи на самозанятость с официальным доходом в 3 тыс в год

Получится.
Так если у Вас деньги есть, в чём проблема? Можете обратиться к грамотным юристам, специализирующимся на данном направлении, они всё красиво сделают.
Вообще примерно за полугодовой размер указанных Вами алиментов среднестатистической БЖ можно создать такие проблемы, что в её голове больше никогда не возникнет мысль о возможности что-то требовать от Вас.

Если алименты назначены судом в твёрдой сумме, так как у ИП нет стабильного дохода, то просто так вы на % не перейдёте. Нужно будет в суд подавать. А так да, если алименты в %, то они будут от зарплаты. Только не забудьте посчитать, сколько вы на страховых взносах на работников потеряете. И вопросы могут возникнуть, а не обналичиваете ли вы деньги ООО, платя такую большую зарплату маме.

С маминой зарплаты ты теряешь 45 % от 400000 рублей

"сейчас я ИП" - взыскание назначено в долях или ТДС?
Собираюсь зарегистрировать ООО - регаем на левого чела, если должник сам учредитель - с него как с ИП возьмут ТДС.
"Т. е. алименты будут 5000 руб с моего дохода?" - ДА.
Но надо понимать что БЖ лишившись халявы будет по судам-приставам шляться и устраивать истерики, за ваши денежки ( алименты что вы платите ребенку ) взвод юристов будут долго и профессионально вас напрягать. Необходимо тщательно подготовиться к судам и проверкам.
"Маму, например, устрою охранником" - консультантом обычно оформляем с ненормированным рабочим графиком.
"буду платить ей зарплату 400 000 руб в месяц." придётся прибавить ежемесячно 180 000 ФСС/ПФР/ФНС - в этом месте получается что своему ребенку жалко а отдать левым нахлебникам не жалко.