Факультеты защиты информации

Нет таких факультетов. Есть подобные специальности/направления подготовки.
А насчет того, что из них лучше, это тебе виднее. Можно сходить в соответствующий вуз/колледж на день открытых дверей и задать этот вопрос там. В крайнем случае, можно обратиться в приемную комиссию, спросить, кем работают выпускники одного и другого направлений.