эта особенность файловой системы нтфс. даже если файл (например 2 килобайта) занимает часть кластера (размер кластера по умолчанию при форматировании 4кБ) то кластер отдается ему целиком. то сам понимаешь, что файлы занимают один обьем,а размер диска выделенный под файлы -гораздо больше. ничего не поделать,увы. только дефрагментировать диск для ускорения работы, либо удалять лишнее