У алое появилось темное пятно и помимо этого, заметно побледнел. Помогите определить что с ним

Да похер че с ним. Просто обработай перекисью, она полезна для растений а так же убивает микробы,плесень и прочую муйню!

это не удивительно, что в горшке с цветком такая почва вперемешку с каким-то мусором

у вас слишком большой горшок, просто огромный для такого малыша.. корни еще плохо всасывают воду, угадать правильный полив в таком объеме - нереально! то мало, все засыхает, то много, корни гниют.. лично я все растения из семян сею в торфяные таблетки, или в стопочки 50 мл, или если россыпью - то после всходов пикирую в крошечные стопочки.. прозрачные стопки с дырочками на дне, с мелким керамзитом - дренаж.. сквозь прозрачные стенки стопки видно как вода поступает, как корни растут.. в вашем случае я даже растерялась что советовать: попробуйте пересадить аккуратно с пинцетом в более рыхлый и бедный грунт, алое не нужен чернозем.. некоторые выращиваю в чистом песке, или в перлите..
на фото мои саженцы алое, уже взрослые, но все еще в стопочках.. и пример как в таблетках посажены семена, ставлю в теплое место, на свет, но закрываю крышкой чтоб не пересыхали