Какие риски могут быть при клонировании дисков?

Данные не удалятся. НО! При старте системы, она ищет жёсткий диск. И подставляет под него драйвера. Разные диски, разные драйвера. Система взбрыкнёт и не загрузится. Там не всё так просто. По-хорошему, сначала делается полный образ диска, на всякий случай. И сохраняется образ на внешнем носителе, например, программой Акронис. Потом на исходном диске специальными программами чистят системные разделы. Потом делают ещё один образ и уже потом его запускают в режиме восстановления.