Как собрать APK с инструкцией сборки без Android Studio

Изучай формат AXML (он используется в AndroidManifest.xml, далее когда изучишь, ты сможешь создавать свои AndroidManifest.xml вручную).
Далее качай DX, это фича для конвертирования .class в .dex.
Далее понадобится обязательный JAR Signer, или APK Signer. Он есть в JDK и предустановлен там и нужен для создания CERT.RSA и других нужных файлов в META-INF.