Работодатель не отпускает на прохождение военной комиссии

Работодатель обязан освободить сотрудника для прохождения медицинского освидетельствования от работы, сохранив за ним место работы и выплатив средний заработок за период, который будет указан в подтверждающем документе - в данном случае в повестке военкомата, с указанием отметки о пребывании в военкомате.

Вы идёте в военкомат не по своему усмотрению, а по указанию военкомата. Согласно п. 1 ст. 6 Федерального закона от 28.03.1998 N53-ФЗ "О воинской обязанности и военной службе" граждане на время медицинского освидетельствования, медицинского обследования освобождаются от работы С СОХРАНЕНИЕМ ЗА НИМИ МЕСТА ПОСТОЯННОЙ РАБОТЫ И ВЫПЛАТОЙ СРЕДНЕГО ЗАРАБОТКА. Сошлитесь работодателю на данную статью закона, и если он не прислушается, Подавайте жалобу в трудовую инспекцию и (или) прокуратуру; работодатель скорее всего будет привлечён к административной ответственности по ст. 5.27 КОАП РФ.

Работа официальная? - Если да, то подарите отделу кадров трудовой кодекс, пусть хоть почитают на досуге

Не имеет никакого права, пусть напишет вам что препятствует вам в прохождении военной комиссии.

не имеет права

А платить штраф за неявку тебя на комиссию он согласен?!