Самый просто вариант который я вижу, это взять две флешки, с одной загрузиться и начать установку системы, а на вторую флешку эту систему поставить. После установки, первую флешку вытыкаешь, а та что с системой установленной остаётся, с неё загружаешся и добавляешь скрипт в автозагрузку который тебе нужен. Все будет работать. Ну а способов добавить в автозагрузку несколько, например на убунту , через rc.local или systemd даже crontab , например
* * * * * /путь/к/скрипту.sh