У вас имя секвенции с именем клипа не совпадает? Теоретически, Premiere может быть настроена на сохранение проектов в облаке Adobe - проверьте папку Creative Cloud.
Вот здесь человек столкнулся с точно такой ситуацией (англ.):
https://community.adobe.com/t5/premiere-pro-discussions/timeline-amp-sequence-missing-after-saving-and-closing-pp2020/td-p/11126117