В лайтруме нельзя сделать стекинг по фокусу?

Можно так: Изображение > Автоматическое выравнивание слоев.
Во всплывающем окне выберите Stack Images в разделе Метод наложения. Установите флажки Бесшовные тона и цветовые гаммы и Content Aware для заполнения прозрачных областей.

Без вызова Photoshop'а - нет, никак: https://www.youtube.com/watch?v=Qr9U6fRNA4o&t=16s