Как создать прозрачное окно на python?

Чтобы создать прозрачное окно на Python, которое будет поверх всех окон и через которое можно будет взаимодействовать с рабочим столом, вам понадобится использовать библиотеку PyQt5. Вот пример кода, который поможет вам достичь желаемого результата:
import sys
from PyQt5.QtWidgets import QApplication, QMainWindow
from PyQt5.QtGui import QPainter, QBrush, QColor, QPen
from PyQt5.QtCore import Qt, QTimer, QRect

class DrawingWindow(QMainWindow):
def __init__(self):
super().__init__()
self.setAttribute(Qt.WA_TranslucentBackground, True)
self.setWindowFlags(Qt.FramelessWindowHint | Qt.WindowStaysOnTopHint)

self.pen_color = QColor(255, 0, 0) # Красный цвет пера
self.pen_width = 4 # Ширина пера

self.coordinates

На ахк 3 строки кода:

 Gui, New, +LastFound +AlwaysOnTop -Caption +Owner +hwndhGui +E0x20 
WinSet, Transparent, 200 
Gui, Show, NA w300 h100